工厂事故后扣减工资会受特殊情况影响，具体如下：
1、未缴工伤保险：若工厂未依法为员工缴纳工伤保险，原本由工伤保险基金支付的待遇将由工厂承担。此时工厂或为降成本扣减工资，员工维权对象直接指向工厂，且工厂赔偿能力影响工资追回，处理时需重点关注工厂经济状况与赔偿意愿。
2、员工存在过错：员工一般工作过错不影响工伤认定，但违反安全规程导致事故，工厂或以此为由扣减工资。不过，只要员工受伤被认定为工伤，工厂就不能以员工过错扣减停工留薪期工资，只能依规处理员工过错行为，需区分工伤待遇与过错处罚的法律性质，增加工资纠纷处理复杂性。
3、停工留薪期延长：一般停工留薪期不超过12个月，伤情严重或特殊情况经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认可延长，但延长不得超过12个月。若工厂对延长停工留薪期有异议，可能拒绝支付延长期间工资，此时需劳动能力鉴定委员会确认结论为依据，否则工资支付易生争议，影响员工权益实现。
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工厂事故后扣减工资的做法通常不合法，员工在工伤停工留薪期内，原工资福利待遇应保持不变。
员工因工厂事故受伤需暂停工作接受工伤医疗的，停工留薪期内工厂应按月支付原工资福利待遇，不得扣减。若事故后员工尚未被认定为工伤，工厂也不得随意扣减工资，需先按正常工资支付，待工伤认定结果出来后再依规处理。若员工因故意犯罪、醉酒或吸毒、自残或自杀等导致受伤，可能无法认定为工伤，此时工厂扣减工资需依据劳动合同或公司合法规章制度，但扣减后工资不得低于当地最低工资标准。
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依据《工伤保险条例》（2010年修订）第三十三条“职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。停工留薪期一般不超过12个月。伤情严重或者情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月”，针对工厂事故后扣减工资的问题，可明确工资计算方式：若员工因工作原因受伤处于停工留薪期，工厂扣减工资即违反该规定。“原工资福利待遇”通常指员工受伤前12个月平均工资，工作未满12个月的按实际工作月数平均工资计算。因此，工厂扣减工伤员工停工留薪期工资的行为无法律依据，员工有权要求按原工资标准支付。
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工厂事故后扣减工资可能给员工带来法律风险，以下是风险点及实例说明：
1、诉讼时效风险：工伤认定申请应在事故伤害发生之日起1年内提出。例如，员工2023年1月1日发生工厂事故，若2024年2月1日才申请工伤认定，已超法定时效，社会保险行政部门可能不予受理，员工无法通过工伤认定程序要求工厂支付停工留薪期工资，面临无法获得应有待遇的风险。
2、证据链风险：缺乏工伤认定书可能导致无法证明工伤事实。比如，员工在工厂事故中受伤但未申请工伤认定，工厂以受伤与工作无关为由扣减工资，员工因无工伤认定书这一关键证据，难以证明扣减工资行为违法，协商或维权时可能无法追回被扣工资。

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