工厂合同约定“三个月不工作扣3000元”是否合法，需结合具体情况判断。依据劳动法规，此类扣款通常不合法。若工厂仅以“未工作满三个月”为由直接扣款，既未证明与员工实际损失相关，也未通过合法公示的规章制度明确规定，则该行为违法。但如果工厂能证明员工未工作满三个月确实造成经济损失（如招聘、培训费用损失等），且扣款金额未超实际损失，同时规章制度对该情形有明确规定并公示，工厂可能有权要求员工赔偿相应损失，但仍需遵循法定程序。
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工厂合同中“三个月不工作扣3000元”的约定是否有效，需依据《中华人民共和国劳动法》第五十条“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资”的规定判断。若该约定未基于员工实际损失，单纯以未工作满一定期限扣工资，属于“无故克扣工资”，违反法律强制性规定，约定无效，工厂不能据此扣款，员工有权要求返还被克扣工资。
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工厂合同中“三个月不工作扣3000元”的约定在处理时，可能受以下特殊情况影响：
1、员工未工作满三个月因不可抗力（如突发重大疾病需长期治疗）导致，非主观故意，工厂不能依约扣款，否则违法，员工有权追回；
2、若该条款是员工在被欺诈、胁迫（如工厂隐瞒条款含义或威胁不签就不录用）下签订，条款无效，工厂无权扣款；
3、若员工未工作满三月确实给工厂造成实际经济损失，且工厂能提供充分证据证明损失金额，工厂可要求赔偿，但赔偿额不得超实际损失（如招聘费用损失2000元，最多扣2000元而非3000元）。
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工厂以“三个月不工作扣3000元”为由扣工资，可能给员工带来法律风险：
1、员工可能面临工资被无故克扣风险，如小王工作两个月离职，工厂直接扣3000元，若员工未及时维权，工资可能无法追回；
2、若工厂无合法规定且无法证明员工损失，仍坚持扣款，员工因举证困难（如未收集工资条、劳动合同等证据）可能维权失败，例如小李投诉时无法提供有效证据致投诉不被支持。
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