您因违反公司规定被扣工资，首先需判断扣工资行为是否合法。以下为不同情况的详细分析：
1. 若公司扣工资符合法律规定或劳动合同约定（如代扣个税、社保等），且扣后工资不低于当地最低工资标准，则扣工资合法。
2. 若公司扣工资无法律依据或合同约定，或扣后工资低于当地最低工资标准，则扣工资行为违法。
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违反公司规定被扣工资的处理可能受以下特殊情况影响：
1. 劳动者因本人原因给用人单位造成经济损失：根据相关规定，用人单位可按照劳动合同约定要求赔偿，此时扣工资可能合法，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。该情形下，公司扣工资的比例和金额需符合法律限制。
2. 公司规章制度未公示或未告知劳动者：若公司依据未公示的规章制度扣工资，该规章制度可能不具有法律效力，公司扣工资行为违法。此情形下，您可主张公司扣工资无合法依据，要求返还被扣工资。
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违反公司规定被扣工资可能存在以下法律风险：
1. 诉讼时效风险：劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，若您超过时效才申请仲裁，可能丧失胜诉权。例如，您2023年1月被扣工资，2024年2月才申请仲裁，已超过时效，仲裁委可能不予受理。
2. 证据链风险：若您无法提供公司扣工资的合法依据不成立的证据，可能导致维权失败。例如，您仅口头主张公司扣工资违法，但无法提供劳动合同或工资条证明，仲裁委可能不支持您的请求。
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针对您“违反公司规定被扣工资怎么办”的问题，以下结合具体法律依据为您分析：
根据《工资支付暂行规定》第十五条，用人单位不得克扣劳动者工资，仅可在特定情形下代扣，如代扣代缴个人所得税、劳动者个人负担的社会保险费用等。若公司以您违反规定为由扣工资，需证明该扣减符合“法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用”，或劳动合同中有明确约定且该约定不违反法律强制性规定。若公司无法提供上述依据，则扣工资行为违法，您有权要求公司返还被扣工资。

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